Depuis l’année 2011-2012, en plus de la branche en langue arabe, un enseignement en langue française est assuré, en partenariat avec l’Université catholique de Lyon et l’Institut catholique de la Méditerranée à Marseille.
L’Institut d’études islamo-chrétiennes à l’Université Saint-Joseph a inauguré, en septembre 2007, un «Master en relations islamo-chrétiennes», ouvert aux étudiants de toutes disciplines et dont la scolarité s’étend sur deux ans. Il comporte 120 crédits répartis sur 4 semestres de 30 crédits chacun.
