Après un refus catégorique, Michel-Ange consent à entreprendre ce travail titanesque. De 1508 à 1512, il va peindre, entièrement seul, collé au plafond sur l’échafaudage, cachant son travail, terrifié à l’idée d’être copié. En 1536, Clément VII lui commande un Jugement dernier pour le mur de l’autel. Ce sujet inspire particulièrement l’artiste, passionné de Dante et sa Divine Comédie. L’œuvre évoque l’enjeu des fins dernières, vu à travers la conscience brûlante et intime qu’a Michel-Ange du violent combat de la grâce contre le péché, qui traverse tout homme. De nouveau, il dépasse tous les « déjà-vus », représentant un Christ en gloire autour duquel gravitent tous les élus, les anges et les damnés, comme un soleil au centre des planètes.
Dans cette œuvre, la représentation très crue de la nudité a été décriée par certains de ses contemporains. Le peintre manifeste, par ces corps torturés mais déjà quasi glorieux et comme libérés du péché originel, l’espérance en la résurrection de la chair. « Le don propre de Michel-Ange, auquel ses admirateurs n’ont rien compris, c’est de créer un univers irréel avec une logique égale à celle de la réalité », le défend Maurice Denis. Qualifiant la Sixtine d’« Olympe biblique », le peintre ajoute : « Ce qui aurait dû surprendre, c’est la perfection esthétique et anatomique, la sérénité divine de ces corps tourmentés. Tout se passe comme si, malgré la déchéance et les vicissitudes de l’humanité, le privilège de la beauté était inaliénable et commun à tous les hommes. » Le concile de Trente semble n’avoir pas partagé cette vision. Quelques semaines avant la mort du peintre, il exige que la nudité soit recouverte.
À l’inverse, 400 ans plus tard, Henri Charlier donnera Michel-Ange comme l’exemple même de l’artiste « séparé de la concupiscence », évoquant son œuvre « si pure […], ses nus si chastes […], ses inventions qui portent la marque de l’humilité ». La plupart des nus ont été redécouverts depuis.
