C’est en mars 1887 que le vicaire de l’église Saint-Pierre d’Auxerre, Appolinaire Geste a fondé le patronage Saint Joseph et a demandé à l’abbé Deschamps d’en être le premier président. Cependant, La loi de 1905 n’épargna pas ce patronage. L’abbé décida donc de le transformer en une association sportive et d’éducation appelée « Association de la Jeunesse Auxerroise » (AJ Auxerre). À l’origine elle proposait 4 principales activités : fanfare, gymnastique, préparation militaire et football. Pour autant, l’association conservait une âme catholique malgré quelques contestations extérieures : messes, vêpres et confessions rythmaient la vie de ces jeunes. Moins d’un an après la mort de l’abbé Deschamps, on baptisa le stade en son nom en 1950.
Ce petit club connu une ascension impressionnante, passa les étapes de la 2de puis la 1re division avant d’être sacré Champion de France en 1996. Cette longue ascension fût encadrée par le célèbre entraineur Guy Roux. Ce technicien est resté pendant plus de 40 ans au club et fût aidé par l’abbé Bonnefoy qui suivait le club. Le gardien de but Lionel Charbonnier (champion du monde en 1998) a été marqué par la présence de l’abbé et a témoigné : « À mon époque, le centre de formation était au pied de la cathédrale et l’abbé Bonnefoy en était le directeur. Nous mangions souvent avec lui. Nous étions au patronage Saint-Joseph ».
On pourrait penser qu’ensuite avec la professionnalisation du club, les racines de l’AJA disparaitraient progressivement pour faire place au football business qui se développe à grand pas mais ce n’est pas vraiment le cas. Le club d’Auxerre, orphelin de l’abbé Deschamps s’appuie désormais sur leur nouvel aumônier, le père Joël Rignault. Ce prêtre diocésain a organisé en 2011 une visite de la cathédrale d’Auxerre à toute l’équipe ce qui a permis aux joueurs de se rendre sur la tombe de l’abbé Deschamps. En 2015, le club a organisé ses 110 ans d’existence et à cette occasion, le père Rignault a célébré la messe sur la pelouse du stade.
Les aumôniers ont changé, les joueurs et l’encadrement également mais un symbole reste ancré au sein du club, c’est cette croix de Malte sur un fond bleu marial qu’arbore son logo.
